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Un ensemble de mesures de compensation de la zone d’habitat du grand hamster sera pris tant durant la phase de construction que celle d’exploitation de l’autoroute. Des conventions seront passées avec le monde agricole afin de recréer des espaces favorables à l’habitat du hamster. Une vingtaine de lâchers sont prévus jusqu’en 2021. Une ferme d’élevage va être tout spécialement créée. L’ouvrage lui-même comporte des dispositifs adaptés à l’habitat de l’espèce ; ouvrages de franchissement spécifiques, couloirs écologiques…